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吴启迪说，提高高等教育质量，推进高水平大学和重点学科建设，是温家宝总理在政府工作报告中对高等教育提出的具体要求，体现了国家对高等教育的高度重视。近年来，教育部坚持科学发展观，采取切实有效措施，不断提高高等教育质量尤其是提高拔尖创新人才的培养水平，我国高等教育从规模的扩大转变为内涵的发展。在本科教育方面，教育部实施了高等学校教学质量与教学改革工程，提出专业结构调整与专业认证、课程教材建设与资源共享、实践教学与人才培养模式改革创新、教学团队与高水平教师队伍建设、教学评估与教学状态基本数据公布、对口支援西部地区高校六个方面的工作，对促进高等教育协调发展，进一步加强和改进教学工作，提高教育质量起到了积极的促进作用。提高教育质量，教师是关键。在“质量工程”中，加强教学团队建设是一项具有创新意义的举措，通过教学工作的老中青相结合，发扬传帮带的作用，加强青年教师培养，推动教学内容和方法的改革与研究。在研究生教育方面，教育部推出了研究生创新计划，以培养拔尖创新人才。
“在新的历史阶段，高等教育还面临着很多新的挑战。特别是在人才培养方面还存在某些软肋，比如实践环节薄弱。”吴启迪认为，创新人才的培养首要一点就是不能脱离实践。“质量工程”里面虽然有一项是怎样加强实践环节，但总体上还是要引起我们高度重视。目前，从实习、课程设计到毕业论文和毕业设计，这几个环节都有弱化的趋势。不仅是理工科，文科也存在同样的问题。教育部计划到2010年建立500个人才培养模式创新实验区，让本科生参与一些研究工作，以学生为主，让他们自己设计选题，以加强实践能力与创新能力的培养。目前，这项工作正有序推进，教育部对此期望很大，准备在看到效果后再考虑如何进一步推动。
在考虑高等教育协调发展的同时，我国通过“211工程”和“985工程”，加强重点学科和高水平大学建设。吴启迪说，温家宝总理在政府工作报告中指出，要推进高水平大学和重点学科建设。这对培养高层次创新人才、建设人力资源强国具有重要意义。目前，我国“211工程”已经是第三期了，前两期“211工程”使我国大学得到很好的发展，各种类型、各具特色的学校得到支持，成果非常巨大，涌现出一批接近或达到世界先进水平的学科。新的一期“211工程”仍以重点学科建设为重点，明确提出要有一些学科能够脱颖而出，在世界上处于一流水平；要出现一批在世界上立得住脚的高水平学术带头人；要加强公共服务体系建设，进一步建设中国教育科研网、数字图书馆和大型仪器设备共享的资源平台。“985工程”二期建设基本完成，这项工程旨在建设一批国家前沿的创新平台。此次政府工作报告中专门提到国家实验室、国家工程中心，也使“985工程”的方向更加明确，就是要在高校中建立这些自主创新平台，同时也包括哲学社会科学创新平台。
吴启迪说，建设高水平大学的做法在世界范围内引起广泛关注，许多国家和地区也不断推出高水平大学建设计划，其评价方式跟“211工程”和“985工程”非常相近，如德国正在建设10所精英大学，韩国实施“韩脑”计划，日本推出“卓越中心”计划，俄罗斯和我国台湾地区也在加强高水平大学建设。
“希望这一点引起国家有关方面更大的关注。提高大学的水平和培养人才有一个滞后的过程，必须以超前的眼光及早考虑，逐步加大对我国高等教育的投入。”吴启迪说，目前，我国财政性教育投入中，高等教育部分占GDP的0.6%，这在全世界属于较低水平，许多发展中国家也已超过1%。虽然，我国对科技的财政性投入还有大约20%会进入高校，但发达国家远远高于这个比例。总体而言，与国外相比，对高校投入的差距会比较大。她说，在我们社会主义国家，有集中力量办大事情的优势和能力，高等教育在考虑协调发展的同时，要优化资源配置，尽早安排提高对高等学校的投入，把一批高水平的大学真正办成世界一流大学，实现高等教育强国的目标。
